Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumunun (BDDK) Haziran 2002de gruba ait Pamukbankı mali yapısı bozulduğu gerekçesiyle Fona devrinden sonra Fon Kurulu ile masaya oturan Çukurovanın patronu Mehmet Emin Karamehmet, borçların ödenmesi konusunda el sıkışmıştı. Daha sonra 2004 yılında anlaşmada yapılan değişiklikle 3,2 milyar dolarlık borç 2,1 milyar dolara çekilirken, ortalama vade 8,2 yıldan 15 aya indirilmişti.
Çukurova Grubundan yapılan açıklamada, grubun 2005 yılında devlete ödediği vergi ve mali yükümlülüklerin tutarının 4,6 milyar YTLyi aştığı bildirildi. Gruba bağlı şirketlerce 1996-2005 döneminde, ödenen mali yükümlülüklerin toplam tutarının 20 milyar YTLye ulaştığı belirtilen açıklamada, grubun ayrıca geçmiş yıllarda BDDK, TMSF ve Yapı Kredi Bankası ile imzaladığı yeniden yapılandırma anlaşmalarına uygun olarak edimlerini eksiksiz ve zamanında yerine getirdiği ifade edildi. Grubun, 4 Ağustos 2004 tarihli ek protokol kapsamında 2005 yılı içinde TMSFye 947 milyon dolar daha nakden ödeme yaptığı belirtilen açıklamada, şunlar kaydedildi:
Böylelikle TMSF ile anlaşma imzalayan borçlular arasında en yüksek tutarlı ödemeyi gerçekleştirerek (2006 yılında vadelerinde ödenecek 87 milyon dolar dışında) borçlarını tamamen kapatmıştır. Grubumuz ile Koç Finansal Hizmetler AŞ (KFS) arasında imzalanan anlaşma gereği satılan YKB hisseleri karşılığında satış hasılatından elde edilen 1 milyar 038 milyon dolar YKBye borçlarımız karşılığında nakden ödenmiştir. Öte yandan 2005 yılı içinde Rus Alfa Grubu ile imzaladığı finansman paketi çerçevesinde grubumuz ülkemize tek kalemde getirilen en büyük yabancı sermaye tutarını gerçekleştirmiş ve Türk ekonomisine 3 milyar 300 milyon doların girişini temin etmiştir.
