Böyle bir olaydan nemalanmak isteyen bazı çevrelerin bulunduğunu ifade eden Arınç, üstü kapalı, Şemdinli iddianamesi TSKya karşı darbe girişimidir. diyen CHP lideri Deniz Baykalı eleştirdi: Bu olay siyasi bir rant konusu değildir, iç politika konusu olmamalıdır. Bu olay sebebiyle dahi olsa darbe sözü kesinlikle ağızlara alınmamalıdır. 2006da AB ile müzakerelere başladığımız bir zamanda henüz ihtilal yapmış bir insanın (Kenan Evren) ağzından dökülen sözlerin tartışıldığı bir ortamda ve Türkiyenin tamamının karşı çıktığı bazı söz ve davranışlara karşı darbe sözünün bence yanlış bir şekilde kullanılmasını, iç siyaseti gerecek lüzumsuz, yararsız bir davranış olarak görüyorum.
Bir kuvvet komutanının (Orgeneral Yaşar Büyükanıt) suçlanmış olmasından da büyük üzüntü duyduğunu belirten Meclis Başkanı, Hayatını yurt savunmasına adamış insanların, şu veya bu şekilde suçlanmış olması, en az onlar kadar bizi de üzmektedir. dedi. İddianamenin gereğini Genelkurmay Başkanlığının yerine getireceğine dikkat çeken Arınç, İzin verilip verilmemesi Sayın Genelkurmay Başkanına ait bir yetkidir. Eminim ki Sayın Hilmi Özkök, bu yetkisini en isabetli bir şekilde kullanacaktır ve kararı ne olursa olsun hepimiz buna saygı duyacağız. diye konuştu.
Kara Kuvvetleri Komutanı Büyükanıtın böyle bir durum karşısında bizzat mahkemeye çıkacağını, kendi savunmasını kendisinin yapacağını ve bundan şeref duyacağını ifade ettiğini hatırlatan Arınç şöyle devam etti: Doğrusu bir askere yakışan da budur. Dolayısıyla bu tavrı sebebiyle gurur duyduğumu ifade etmek istiyorum. Böyle bir iddianameyi bahane ederek, sayın komutanın genelkurmay başkanlığı engellenmek isteniyor iddiasının söz konusu edilmesini de doğrusu çok garip buluyorum. Arınç, TSKnın kendi sistemi içinde, tayin ve terfileri her zaman büyük bir isabetle yaptığına işaret ederek, Birtakım olaylar bahane edilerek, bir kuvvet komutanının önünün kesilmesi veya etkilenmesi söz konusu olmamıştır, bundan sonra da olmayacaktır. Ben olaya soğukkanlı bakmayı, itidalli davranmayı uygun görüyorum. diye konuştu.