Soruşturma halen sürdüğü için haklarında dava açılmayan şüphelilerin ismine şemada yer verilmedi. Örgütün liderleri ve üst düzey yöneticilerinin isimlerinin şemada üzeri çizilmiş olması dikkat çekti.
Ergenekon iddianamesinin avukatlara verilen son klasöründe ortaya çıkan şemalarda sanıklarından ele geçirilen 'analiz, lobi' isimli belgelere ilişkin şemalar hazırlandı. Ergenekon şemasının yanı sıra örgütün deşifre edilen bölümü olan isimleri de ayrı bir şema ile gösterildi. Belgelerde 'Tuncay Güney İpek' şeklinde bahsedilen Tuncay Güney'in ifadeleri ve örgüt üyelerinden elde edilen CD'lerde yer alan bilgilere göre örgüt şemasının çizildiği belirtildi. Bu şemaya göre şu ana kadar belirlenen en üst lider Veli Küçük. Örgüt yapılanmasında 1 Numara var, ancak isminin üstü kapalı. Örgütün şemasında yer alan bilgilere göre; örgütün yayın organı Aydınlık Dergisi. İsmi verilmeyen 1 Numara'ya bağlı olarak şemada bulunanların yine üstü kapatılmış. Şemada Veli Küçük 1 Numara'ya bağlı isim olarak görülüyor. Veli Küçük'le Doğu Perinçek'in arasında bağ kuran bir kişinin de ismi verilmemiş. Şema örgütün deşifre edilen Lobi kanadına ilişkin Veli Küçük'ün ilişkileri adı altında 'Yazarlar, Basın Mensupları, İtirafçılar, Mafya, İşadamları, Politikacılar, Emniyet Mensupları, TSK.' Şemada belirtilen bu kollar içinde Basın Mensupları'ndan Aydınlık Grubu (Doğu Perinçek'in kadrosu) ve Adnan Akfırat, Mafya'da Sedat Peker, Ali Yasak, Sami Hoştan deşifre edilebildi.
Analiz isimli belgeye göre, Ergenekon Organizasyon Planı'nın gösterildiği EK-1 isimli şema şu şekilde: Örgüt Başkanı (Kontrol Dairesi- TSK ve Güvenilir Şahıslar)'nın adının altında 'İstihbarat, Analiz ve Değerlendirme, Operasyon, Örgüt İçi Araştırma' isimli askerlerden oluşan daire komutanlıkları var. Ergenekon'un faaliyet alanları EK-2 isimli şemada şu şekilde gösterildi: 'Legal' başlık altında; Sivil Toplum Örgütleri, Medya, Uluslararası Ticaret ve Bankacılık, İlaç-Kimya-Sanayi-Taşımacılık. 'İllegal' başlığı altında ise: Uyuşturucu ve Kimyasal Silah Üretimi. EK-3 isimli şemada 'Finans Girişimleri' anlatıldı. Bunlar sırasıyla, 'Naylon Şirketler, Yurtdışından Kaynak Aktarımı, Yurtdışı Ticari Faaliyetler, Spekülatif Kaynak Yaratılması' Ergenekon'un deşifre edilen Lobi kısmı şemalara döküldü. Ek-4'te Lobi Organizasyon Planı şeması yer aldı. EK-5 isimli şemada 'Faaliyet Alanları' başlığı 'Yurtiçi' ve 'Yurtdışı' olarak ayrılmış. EK-6 isimli şema: Lobi oluşumunun 'Finans Girişimleri' Sivil Toplum Örgütleri, İşçi Sendikaları, Holdingler, Vakıflar' şeklinde sayılıyor.
İkinci Kuva-i Milliye hareketi
Tüm bu dokümanlara göre örgütün deşifre edilen kısmı da EK-7 isimli şemada gösterildi. Şemada toplam 69 isim yer alıyor. Şahıslardan Eşref Bitlis 1993 yılında askerî uçağın düşmesiyle hayatını kaybetti. Yine bu isimler arasında bulunduğu iddia edilen yazar Gülçin Telci de hayatını kaybetti. Diğer 67 şahsın ise 14'ünün politikacı, 13'ünün basın mensubu, 19'unun işadamı, 3'ünün itirafçı, 1'inin yazar ve 1'inin de emniyet müdürü olduğu belirtiliyor.
STKB irtibatlarının şeması da EK-8 olarak klasörde yer aldı. Ergenekon'la irtibatı delillendirilen STK'ların isimleri verildi. EK-8'de yer alan STKB Başkanlar Kurulu'nda; ADD, USİAD gibi isimler yer alıyor. Ayrıca şema üzerinde STKB'nin nihai hedefi şu şekilde aktarılıyor: Mustafa Kemal Atatürk'ün başlattığı Kuva-i Milliye hareketini yükselterek 2. Kuva-i Milliye hareketi başlatmak. Altı Ok'u yeniden yorumlayıp yapılandırarak Kemalizm ve sosyalizmi kaynaştırmak.