Irak sınırından başlayıp Nusaybin -Şanlıurfa-Diyarbakır’ı geçerek Mersin ve İskenderun’da denize ulaşacak GAP Demiryolu projesi olarak bilinen ilk proje, dış kredi bulunamadığı için programdan çıkartılmıştı. Ardından Çobanbey-Nizip-Birecik-Şanlıurfa-Mardin-Nusaybin-Irak Hududu Yeni Demiryolu Projesi diğer adıyla GAP Demiryolu Projesi olarak planlandı. Yaklaşık 4,4 milyar ABD doları tutarındaki bu projeyi Ulaştırma Bakanlığı Demiryolları Limanlar ve Hava Meydanları İnşaatı Genel Müdürlüğü 2001 yılı yatırım programına aldı. 535 kilometre uzunluğundaki ve organize sanayi bölgeleri ve yerleşim merkezlerinden geçmeden Birecik Baraj Gölü, sulama tünelleri üzerinden ve genelde fıstık bahçeleri içerisinden geçecek şekilde hazırlanan bu projenin güzergah ve maliyet açısından gerçekleşmesi mümkün olmayacağından, buna alternatif olacak, aynı zamanda Suriye sanayi merkezi olan Halep’ten Mürşitpınar’a mevcut olan demiryolu ile bağlantıyı sağlayacak Mürşitpınar-Suruç-OSB.-Şanlıurfa Demiryolu Hattı Projesi geliştirildi. Ancak, bu demiryolu projesinin de Devlet Planlama Teşkilatı’nın (DTP) kaynak yetersizliğine takıldığı bildirildi.
Demiryolu projesinin bir an evvel hayata geçirilmesi için girişimlerde bulunan Şanlıurfa Ticaret ve Sanayi Odası Başkanı İsmail Demirkol, TCDD Genel Müdürlüğü’ne konuyla ilgili birkaç kez yazışmaları olduğunu söyledi. Demirkol, nüfus artışı ve ulaşımda yaşanan darboğazlar sebebiyle Şanlıurfa’ya demiryolu bağlantısının zorunlu ihtiyaç haline geldiğini DTP’ye bildirdiğini aktardı.Ancak yaptıkları yazışma ve görüşmelerin ardından Ticaret ve Sanayi Odası Başkanlığına TCDD Genel Müdür Yardımcısı İsa Apaydın ve APK Dairesi Başkanı İsmet Duman imzasıyla bir faks aldıklarını anlatan Demirkol, yazıda ülke kaynaklarının yetersizliği dolayısıyla demiryolu projesine gerek duyulmadığına yer verildiğini, bunun da kendilerini şaşırttığını vurguladı.
TCDD Genel Müdür Yardımcısı İsa Apaydın ve APK Dairesi Başkanı İsmet Duman imzasıyla ŞUTSO’ya gönderilen yazıda, şöyle denildi: “Mürşitpınar-Suruç-Şanlıurfa Organize Sanayi Bölgesi hat kesiminin, 2005 yılı yatırım programına etüt proje olarak ilave edilmesi için Ulaştırma Bakanlığımız tarafından DPT Müsteşarlığı nezdin de gerekli girişimlerde bulunulmuştur. Ülkemiz kaynaklarının yetersiz olduğu göz önüne alınırsa Mürşitpınar-Suruç-Şanlıurfa demiryolu bağlantısı etüt projesine bu aşamada gerek duyulmamıştır. Ayrıca Ankara-İstanbul, Ankara-Konya hızlı tren projeleri ve diğer yatırımların tamamlanmasından sonra demiryoluna yeni kaynakların aktarılmasının mümkün olması durumunda, Mürşitpınar-Suruç-Şanlıurfa demiryolu hattı ile Nizip-Birecik-Şanlıurfa demiryolu hatları karşılaştırılmalı olarak değerlendirilebilir.”
Mürşitpınar – Şanlıurfa arası yaklaşık 40 kilometre olup bu güzergahtaki arazinin dörtte üçünün hazineye ait olması, arazi yapısının düz oluşu, mesafenin kısalığı ve maliyetinin oldukça düşük olması gibi avantajlarının bulunması projenin kısa zamanda gerçekleştirilmesini mümkün kılıyordu. Ülke ekonomisine geri dönüşümün kısa sürede olmasının yanı sıra sınır ticaretine de ivme kazandıracağı bekleniyordu. Ayrıca, bu demiryolu hattının Suruç Organize Sanayi Bölgesi üzerinden Şanlıurfa Organize Sanayi Bölgesini de içine alarak Şanlıurfa’ya ulaşması bir entegre proje olan GAP’ın amaçlarına da daha uygun düşeceği düşünülüyordu. Tahmini bedeli 38 milyon ABD doları olan bu proje için dış krediye ihtiyaç duyulması da beklenmiyordu. Uygulama projesi için etüt çalışmaları tamamlanmış ve 2006 yılında da elektrikli ve çift hat olarak uygulamaya geçileceği bekleniyordu.
