17 yılda dördüncü yerine taşınan rektörlüğün, Maliye Bakanlığı'ndan "Bilgi İşlem İkmal Merkezi" adı altında ödenek alarak yeni binanın kaba inşaatına 9 milyon 912 bin lira harcadığı, tefrişi için de milyonlarca lira verildiği iddia edilmişti.
Peyzaj, iç tefrişat ve çevre düzenlemesiyle maliyeti 12 milyon lirayı bulduğu ileri sürülen binaya, 23 Şubat 2010 tarihinde, "olea Europea extra" cinsi, 100 yaşın üzerinde ve tanesi 2 bin 500 lira olan, anıt ağaç niteliği de taşımayan üç adet yaşlı zeytin ağacı satın alındı. Diğer masraflarıyla birlikte 10 bin 30 lirayı bulan ağaçlar, Bodrum'un Yalıkavak beldesinden vinçle getirilerek dikildi.
Yeni rektörlük binası, 8 bin 400 metrekare kapalı alandan ve üç kattan oluşuyor. Zemin katında müze, diğer katlarda senato salonu, rektörlük makamı, hukuk bürosu, rektör yardımcılarının odaları, genel sekreterlik, Strateji Geliştirme ve Personel daire başkanlıkları hizmet veriyor.
Yaklaşık 10 milyon lira harcanan ve tartışmalara sebep olan MÜ'nün yeni rektörlük binası, 9 Ocak 2010 tarihinde törenle açılmıştı. Törene Muğla Valisi Ahmet Altıparmak, Garnizon Komutanı Jandarma Kurmay Albay Salih Karataş, eski Vali Lale Aytaman, MÜ Rektörü Prof. Dr. Şener Oktik, Muğla Ticaret ve Sanayi Odası Başkanı Bülent Karakuş, daire amirleri, fakülte dekanları, sivil toplum kuruluşları temsilcileri ve çok sayıda davetli katılmıştı.