Fenerbahçe Kulübü Başkanlığı'na ilk kez 15 Şubat 1998 tarihinde seçilen Yıldırım döneminde sarı-lacivertli takım, Galatasaray ile 49 kez karşı karşıya geldi. Bu maçlardan 21'ini Fenerbahçe, 16'sını Galatasaray kazandı, 12 maç da berabere sonuçlandı. Fenerbahçe'nin 67 golüne, Galatasaray 59 golle yanıt verdi.
Yıldırım'ın kulüp başkanlığı döneminde Fenerbahçe ile Galatasaray arasında yapılan maçlarda alınan sonuçlar şöyle:
Tarih Stat Organizasyon Sonuç (GS-FB)
15.02.1998 Ali Sami Yen Lig 2 – 2
26.07.1998 FB Şükrü Saracoğlu TSYD Kupası 4 – 1
20.09.1998 FB Şükrü Saracoğlu Lig 2 – 2
07.03.1999 Ali Sami Yen Lig 2 – 0
24.07.1999 FB Şükrü Saracoğlu TSYD Kupası 1 – 1
22.12.1999 FB Şükrü Saracoğlu Lig 2 – 1
26.03.2000 Ali Sami Yen Lig 0 – 1
26.11.2000 Ali Sami Yen Lig 0 – 0
07.02.2001 FB Şükrü Saracoğlu Türkiye Kupası 4 – 4 (Pen.6-7)
06.05.2001 FB Şükrü Saracoğlu Lig 1 – 2
22.09.2001 Ali Sami Yen Lig 2 – 0
16.02.2002 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 1
06.11.2002 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 6
08.03.2003 Ali Sami Yen Lig 2 – 0
21.09.2003 Atatürk Olimpiyat Lig 2 – 2
29.02.2004 FB Şükrü Saracoğlu Lig 1 – 2
12.12.2004 Ali Sami Yen Lig 1 – 0
11.05.2005 Atatürk Olimpiyat Türkiye Kupası 5 – 1
22.05.2005 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 1
27.11.2005 Ali Sami Yen Lig 0 – 1
08.03.2006 FB Şükrü Saracoğlu Türkiye Kupası 1 – 2
22.03.2006 Ali Sami Yen Türkiye Kupası 3 – 2
22.04.2006 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 4
03.12.2006 FB Şükrü Saracoğlu Lig 1 – 2
19.05.2007 Ali Sami Yen Lig 1 – 2
08.12.2007 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 2
03.02.2008 FB Şükrü Saracoğlu Türkiye Kupası 0 – 0
27.02.2008 Ali Sami Yen Türkiye Kupası 2 – 1
27.04.2008 Ali Sami Yen Lig 1 – 0
09.11.2008 FB Şükrü Saracoğlu Lig 1 – 4
12.04.2009 Ali Sami Yen Lig 0 – 0
25.10.2009 FB Şükrü Saracoğlu Lig 1 – 3
28.03.2010 Ali Sami Yen Lig 0 – 1
21.07.2010 Borussia Park Özel 0 – 1
24.10.2010 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 0
18.03.2011 Türk Telekom Arena Lig 1 – 2
07.12.2011 Türk Telekom Arena Lig 3 – 1
17.03.2012 FB Şükrü Saracoğlu Lig 2 – 2
22.04.2012 Türk Telekom Arena Lig 1 – 2
12.05.2012 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 0
12.08.2012 Yeni Erzurum Süper Kupa 3 – 2
16.12.2012 Türk Telekom Arena Lig 2 – 1
12.05.2013 FB Şükrü Saracoğlu Lig 1 – 2
11.08.2013 Kadir Has Süper Kupa 1 – 0
10.11.2013 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 2
06.04.2014 Türk Telekom Arena Lig 1 – 0
25.08.2014 Manisa 19 Mayıs Süper Kupa 0 – 0 (Pen.2-3)
18.10.2014 Türk Telekom Arena Lig 2 – 1
08.03.2015 FB Şükrü Saracoğlu Lig 0 – 1